Biblioteka Seminarium Duchownego w Pelplinie powstała w1829 roku. Podstawą zasobu były księgozbiory klasztorów diecezji chełmińskiej, które na początku XIX wieku zostały zsekularyzowane przez zaborcę. Przez pierwsze trzydzieści lat istnienia do Pelplina trafiły książki m.in. Bernardynów z Lubawy (wśród tych druków trafiła do Pelplina nierozpoznana wówczas Biblia Gutenberga), cystersów z Oliwy, reformatów z Wejherowa, bernardynów w Zamartego, biblioteki z zamku biskupiego w Starogrodzie, misjonarzy z Chełmna, benedyktynek z Żarnowca, reformatów z Kiszporku, jezuitów z Grudziądza oraz dominikanów i benedyktynek z Torunia, reformatów z Torunia-Pogórza, Brodnicy i Dzierzgonia, jezuitów ze Starych Szkotów, OO. Misjonarzy Św. Wojciecha, karmelitów i brygidek z Gdańska, kartuzów z Kartuz, benedyktynek z Grudziądza, biblioteki kościelnej w Radzynie.
W latach 50tych XIX księgozbiór był już ukształtowany i liczył około 10 000 woluminów, które uporządkowano w 14 działach. Na jego potrzeby zaadaptowano dawny letni refektarz opactwa cysterskiego. W 1853 roku biskup Anastazy Sedlag nadał bibliotece statut, regulując jej funkcjonowanie. Zbiór powiększał się dzięki zakupom, darom i legatom testamentowym.
W grudniu 1935 roku dyrektorem biblioteki został ks. Antoni Liedtke. Wyposażył on magazyn w nowe regały, zastosował układ zasobu według sygnatur zamienił katalog książkowy na kartkowy. Rozpoczął prace nad wyodrębnionym zbiorem zabytkowym.
Wojna zniweczyła wszystkie te działania. Okupant wywiózł część księgozbioru, cześć wyrzucił do nieużywanej kaplicy Collegium Marianum, resztę nakazał spalić w pobliskiej cukrowni. Nie przetrwały urządzenia biblioteczne, katalog. Szacuje się, że straty wojenne objęły 50%, z liczącego w przededniu wojny około 50 000 woluminów , zasobu.
Obecnie biblioteka składa się z ponad 100 000 woluminów druków nowych (XIX i XX wiecznych), 1350 tytułów czasopism, z których kontynuowana jest prenumerata ponad 160 tytułów, 543 inkunabułów, 640 rękopisów i około 13 000 starych druków. Katalog komputerowy obejmuje 26 765 opisów.